当神社および関係する神社の巫女の中で、文字通り、神の前で祈祷を執り行なうことのできる巫女です。
祈祷に際しては、仏教の守護神としても知られる神「摩利支尊天」であるため、神道の祝詞(のりと)に加えて読経が入ります。神道では通常は祝詞・神楽を舞い捧げることが中心になりますが、当神社の場合、お祀りする神様に合うように、祝詞以外に般若経・法華経などを捧げることが中心となります。
従って、祈祷巫女は仏教の力も頂くため、神道と仏教のどちらをも学んだ上で祈祷しています。
当神社の祈祷巫女になるために必要な修行として、摩利支天500日行や、1000日行などがあります。こうした期間は祝詞や読経、写経三昧の日々となり、全国の関係寺社への礼拝巡業なども行ないます。